Vers la fin d'un 19ème siècle alternatif, le jeune Allen Walker vient d'intégrer la Congrégation de l'Ombre pour devenir un exorciste. Cet ordre créé par le Vatican a pour but d'éliminer les Akuma, des créatures maléfiques créées par le diabolique Comte Millénaire. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d'une Innocence, qui se matérialise différemment suivant le porteur. Celle d'Allen est son bras gauche. Notre jeune héros possède aussi le pouvoir unique de détecter les Akuma à cause de la mystérieuse cicatrice qu'il possède à l'½il gauche. Rapidement intégré au sein de la Congrégation, Allen va devoir protéger le monde, avec l'aide de ses nouveaux camarades, des desseins du Comte Millénaire...
